Проблема:
папка cgi-bin не зачищается через .htaccess. Хотя в тоже время в www могу нормально закрыть доступ к папкам.

Что это может значить?

                

Надо разрешить это в конфигах Апачи. Что-то вроде:
AllowOverwrite AuthConfig
для нужной директории.

Если это не твой сервер, где ты админ - проси админов, сделают.